DTU Fotonik huser et forskningscenter, NATEC, som støttes af VKR Centre of Excellence og ledes af DTU Fotoniks Jesper Mørk.
Instituttet deltager derudover aktivt i grundforskningscentret CNG (et DNRF Centre of Excellence) som ledes af Prof. Antti-Pekka Jauho fra DTU Nanotek.
CNG = Center for nanostructured graphene.